Tak zamestnávateľ ako aj zamestnanec si musia plniť svoje povinnosti, ktoré im z pracovnoprávneho vzťahu vyplývajú. Ich neplnenie má rôzne dôsledky. Pre zamestnanca môže znamenať ukončenie pracovného pomeru, prípadne aj náhradu škody a pre zamestnávateľa možný postih zo strany štátnych orgánov. V pracovnoprávnych vzťahoch platí, že odo dňa, keď vznikol pracovný pomer je zamestnanec povinný podľa pokynov zamestnávateľa vykonávať prácu podľa pracovnej zmluvy, a to v určenom pracovnom čase a dodržiavať pri tom pracovnú disciplínu.
Zamestnanec sa musí v prvom rade držať pracovnej zmluvy, interných predpisov zamestnávateľa, kolektívnej zmluvy a pod., no zároveň netreba zabúdať ani na ustanovenia Zákonníka práce (zákon č. 311/2001 Z.z. zákonník práce v znení neskorších právnych predpisov), a to najmä jeho ustanovenia §81 a §82. Zákonník práce vypočítava zamestnancovi povinnosti iba demonštratívne. Zamestnanec je v prvom rade povinný pracovať zodpovedne a riadne, ďalej je povinný plniť pokyny nadriadených vydané v súlade s právnymi predpismi. Akoby samozrejmosťou sa zdá byť povinnosť, aby bol zamestnanec na pracovisku na začiatku pracovného času, využíval pracovný čas na prácu a odchádzal z neho až po skončení pracovného času, no nie vždy sa táto povinnosť dodržuje a stáva sa, že neskoré príchody, prípadne skoré odchody sú dôvodom pre skončenie pracovného pomeru.
Vo všeobecnosti platí, že neznalosť zákona neospravedlňuje (O všetkom, čo bolo v Zbierke zákonov uverejnené, platí domnienka, že dňom uverejnenia sa stalo známym každému, koho sa to týka; domnienka o znalosti vyhlásených všeobecne záväzných právnych predpisov je nevyvrátiteľná – ust. §2 zákona č. 1/1993 Z.z. o Zbierke zákonov Slovenskej republiky v znení neskorších právnych predpisov), no zamestnanec má povinnosť dodržiavať právne predpisy a ostatné predpisy vzťahujúce sa na prácu ním vykonávanú za predpokladu, že bol s nimi riadne oboznámený. V tejto súvislosti treba dodať, že pred uzatvorením pracovnej zmluvy je zamestnávateľ povinný oboznámiť fyzickú osobu s právami a povinnosťami, ktoré pre ňu vyplynú z pracovnej zmluvy, s pracovnými podmienkami a mzdovými podmienkami, za ktorých má prácu vykonávať. Taktiež musí byť zamestnanec oboznámený aj s pracovným poriadkom, s kolektívnou zmluvou a s právnymi predpismi vzťahujúcimi sa na prácu ním vykonávanú, s právnymi predpismi a ostatnými predpismi na zaistenie bezpečnosti a ochrany zdravia pri práci, ktoré musí zamestnanec pri svojej práci dodržiavať, a s ustanoveniami o zásade rovnakého zaobchádzania. Zamestnanci majú povinnosť pri práci dbať o svoju bezpečnosť a zdravie a o bezpečnosť a zdravie osôb, ktorých sa ich činnosť týka.
Zamestnanec je povinný s prostriedkami, ktoré mu zveril zamestnávateľ riadne hospodáriť a chrániť jeho majetok (pred poškodením, stratou, zničením a zneužitím). Dôležitou povinnosťou zamestnanca je nekonať v rozpore s oprávnenými záujmami zamestnávateľa, ďalej zachovávať mlčanlivosť o skutočnostiach, o ktorých sa dozvedel pri výkone zamestnania a ktoré v záujme zamestnávateľa nemožno oznamovať iným osobám. Špecifickou povinnosťou zamestnanca, ktorá sa priamo nedotýka výkonu pracovnej činnosti je povinnosť dodržiavať liečebný režim určený ošetrujúcim lekárom v období, v ktorom má podľa osobitného predpisu nárok na náhradu príjmu pri dočasnej pracovnej neschopnosti.
Každý zamestnanec je povinný písomne oznamovať zamestnávateľovi všetky zmeny, ktoré sa týkajú pracovného pomeru a súvisia s jeho osobou. Ide napríklad o zmenu jeho mena, či priezviska, trvalého pobytu alebo prechodného pobytu a taktiež adresy na doručovanie písomností, či zdravotnej poisťovne. V prípade, ak sa jeho výplata poukazuje na účet v banke alebo v pobočke zahraničnej banky, aj zmenu bankového účtu. Okrem vyššie uvedených povinností majú vedúci zamestnanci podľa Zákonníka práce aj ďalšie povinnosti. Ide najmä o povinnosť riadiť a kontrolovať prácu zamestnancov, či utvárať priaznivé pracovné podmienky a zaisťovať bezpečnosť a ochranu zdravia pri práci. Ich povinnosťou je aj zabezpečovanie odmeňovania zamestnancov podľa všeobecne záväzných právnych predpisov, kolektívnych zmlúv a pracovných zmlúv a dodržiavanie zásady poskytovania rovnakej mzdy za rovnakú prácu alebo za prácu rovnakej hodnoty. Vedúci zamestnanci musia zabezpečovať, aby nedochádzalo k porušovaniu pracovnej disciplíny a takisto zabezpečovať prijímanie včasných a účinných opatrení na ochranu majetku zamestnávateľa.
A v neposlednom rade sú povinný utvárať priaznivé podmienky na zvyšovanie odbornej úrovne zamestnancov a na uspokojovanie ich sociálnych potrieb. Zamestnanci, ktorí sa cítia byť poškodení porušením povinností zo strany zamestnávateľa vyplývajúcich mu z pracovnoprávnych vzťahov môžu svoje práva uplatniť na súde. Pri tom platí, že zamestnávatelia nesmú znevýhodňovať a poškodzovať zamestnancov preto, že zamestnanci uplatňujú svoje práva vyplývajúce z pracovnoprávnych vzťahov.