Zákonník práce (t.j. zákon č. 311/2001 Z.z. Zákonník práce v znení neskorších právnych predpisov) upravuje možnosť dohodnúť so zamestnancami konto pracovného času. Pri konte pracovného času hovoríme o nerovnomernom rozvrhnutí pracovného času, no v konečnom dôsledku nesmie priemerný týždenný pracovný čas v dobe najviac 12 mesiacov po sebe nasledujúcich presiahnuť ustanovený týždenný pracovný čas. Úprava tohto inštitútu je obsiahnutá v ust. § 87a Zákonníka práce.
Ako už bolo naznačené konto pracovného času je spôsob nerovnomerného rozvrhnutia pracovného času a zamestnávateľ ho môže zaviesť výhradne po dohode so zástupcami zamestnancov. Teda jednostranné rozhodnutie zamestnávateľa nie je v tomto prípade možné. Zákonník práce vyžaduje, aby dohoda o zavedení konta pracovného času bola vždy písomná. Pokiaľ ide o zamestnanca so zdravotným postihnutím, tehotnú ženu, ženu alebo muža, ktorý sa trvale stará o dieťa mladšie ako tri roky, osamelého zamestnanca, ktorý sa trvale stará o dieťa mladšie ako 15 rokov, tak na zavedenie konta pracovného času sa vyžaduje aj dohoda s týmto zamestnancom.
Celý princíp konta pracovného času spočíva v tom, že zamestnávateľ môže rozvrhnúť pracovný čas tak, že v prípade väčšej potreby práce odpracuje zamestnanec viac hodín, ako je jeho ustanovený týždenný pracovný čas a v prípade menšej potreby práce zamestnanec odpracuje menej hodín, ako je jeho ustanovený týždenný pracovný čas alebo prácu nebude vykonávať vôbec. Teda keď zamestnávateľ bude mať viac práce môže cez konto pracovného času určiť, že zamestnanec odpracuje viac hodín a v období keď bude práce menej, tak určí kratší pracovný čas, tak aby za dvanásť kalendárnych mesiacov nepresahoval týždenný pracovný čas.
Nevýhodou konta pracovného času môže byť aj určitá administratívna záťaž, pretože zamestnávateľ má povinnosť viesť tri účty. Ide o účet pracovného času, účet vyplatenej mzdy a rozdielový účet. Na prvom účte (účet pracovného času) je zamestnávateľ povinný evidovať skutočne odpracovaný čas zamestnanca v jednotlivých dňoch a týždňoch. Na účte vyplatenej mzdy zamestnávateľ eviduje skutočne vyplatenú mzdu za dobu jedného mesiaca v súlade s ust. § 129 Zákonníka práce (Mzda je splatná pozadu za mesačné obdobie, a to najneskôr do konca nasledujúceho kalendárneho mesiaca, ak sa v kolektívnej zmluve alebo v pracovnej zmluve nedohodlo inak). Na rozdielovom účte zamestnávateľ eviduje rozdiel medzi ustanoveným týždenným pracovným časom a skutočne odpracovaným časom zamestnanca a rozdiel medzi skutočne vyplatenou mzdou a mzdou, na ktorú by mal zamestnanec právo za skutočne odpracovaný čas.
Pri využívaní konta pracovného času zamestnávateľ vypláca zamestnancovi mzdu, ktorá zodpovedá ustanovenému týždennému pracovnému času zamestnanca. Za ustanovený týždenný pracovný čas zamestnanca sa považuje čas, ktorý zodpovedá výkonu práce v príslušnom týždni. Ak sa konto pracovného času uplatňuje u zamestnanca s kratším pracovným časom, vychádza sa z kratšieho pracovného času. V prípade, ak bola do skončenia pracovného pomeru vyplatená nižšia mzda, ako by zamestnancovi patrila podľa účtu pracovného času, zamestnávateľ je povinný zamestnancovi zvyšnú časť mzdy doplatiť. Zákonník práce pamätá aj na prípad, ak sa pracovný pomer skončil a zamestnanec neodpracoval celý rozsah pracovného času, ktorý pripadá na dobu, v ktorej sa konto pracovného času uplatňuje. Zamestnávateľ môže právo na vrátenie vyplatenej mzdy uplatniť len na súde (a aj to len vtedy, ak sa pracovný pomer so zamestnancom skončil podľa § 63 ods. 1 písm. d) a e) a § 68 ods. 1 Zákonníka práce). Právo zamestnávateľa na vrátenie vyplatenej mzdy sa môže uplatniť najneskôr v lehote dvoch mesiacov odo dňa, keď sa pracovný pomer skončil.
Za prácu nadčas pri uplatňovaní konta pracovného času je nutné považovať prácu vykonávaná nad ustanovený týždenný pracovný čas a mimo rozvrhu pracovných zmien vyplývajúcich z konta pracovného času. Konto pracovného času má na rozdiel od flexikonta trvalejší charakter. Zatiaľ, čo flexikonto by malo slúžiť iba ako dočasný a najmä výnimočný nástroj, tak konto pracovného času predstavuje spôsob, ktorým zamestnávateľ nerovnomerne rozvrhne čas na určité obdobie dopredu.